По мне раз есть запись по FTP то и должна быть функция перезаписи .
В настройках FTP есть только одно ПРАВА ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ которые и определяют что может авторизовавшийся пользователь создавать файлы и каталоги или еще и удалять .
На жестком диске же у вас осуществляется перезапись что здесь её сложно задействовать ?